Етномузиколошки одсек МШ Мокрањац у Београду основан је школске 1995/1996. године. На почетку рада уведено је традиционално певање, а касније свирање на фрули, гуслама и кавалу.
Народна песма и свирка учи се онаква каквом је народ негује у својој обичајној пракси. Напеви нису стилизовани већ аутентични са тежњом да се досегне њихова архаичност. Зато се у практичној настави поштују сви принципи народног односа према певању и свирању, терминологија, тонски систем итд.
Досадашњи рад одсека бележе и два аудио издања: Све су цуре обуле кондуре (2001) и Сунце јарко трепери да зађе (2003 година). Оба диска представљају пресек српског певачког идиома односно свих облика вокалног изражавања.
Деловање етномузиколошког одсека прати низ наступа на различитим културним манифестацијама као што су Мокрањчеви дани у Неготину, Бемус, Радост Европе, Скопско лето итд. Ученици одсека држали су више целовечерњих концерата у Београду, а представили су се и публици у Јапану (2001), Француској (2004), Загребу (2006), Скопљу (2006). Били су гости конзерваторијума Хектор Берлиоз у Паризу где су одржали концерт, а професор мр Сања Ранковић презентацију и кратак семинар српског народног певања. Том приликом су ученици из Београда са својим француским колегама одржали заједнички концерт у Српском културном центру у Паризу.
У току школске 2005/2006. године етномузиколошки одсек је прославио десет година рада концертима у Етнографском музеју, СКЦ-у и сали школе, као и бројним пратећим активностима (семинарима, гостовањима у телевизијским емисијама и др).